【摘 要】
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网络分析作为一种新的数据可视化途径和定量方法,能简化复杂系统而发现元素间的关系模式.它在定量社会科学、计算机科学与机器学习等领域均有众多应用实例.近年来,在古生物学
【机 构】
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现代古生物学和地层学国家重点实验室,中国科学院南京地质古生物研究所,南京210008;中国科学院生物演化与环境卓越创新中心,南京210008;中国科学院大学,北京100049
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网络分析作为一种新的数据可视化途径和定量方法,能简化复杂系统而发现元素间的关系模式.它在定量社会科学、计算机科学与机器学习等领域均有众多应用实例.近年来,在古生物学,特别是古生物地理学相关研究中逐渐受到关注.本文介绍了网络的基本构成、常见网络类型及其数据储存方式、以及网络分析中的重要参数及其定义,同时给出了两种实现网络分析的方法及相关工具,即Gephi软件与R语言平台.通过分析比较两种方法的步骤及结果,发现Gephi虽成图简洁美观,但算法功能有限,且无法完成成图前的数据处理以及成图后的多元分析,因而最终推荐使用R语言编程进行网络分析.本文以奥陶纪末大灭绝后复苏期全球腕足动物数据为例,详细展现了利用R语言及其应用包“igraph”编程进行网络分析的过程,并实现了古生物地理学数据资料的处理以及网络分析图件的绘制.希望对即将接触此类工具的古生物学科研人员在进行网络分析时提供借鉴与参考.
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