【摘 要】
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针对分子对接中生成评分网格需要花费很多的计算时间这一问题,提出了一种基于统一计算设备架构(CUDA)的评分网格生成并行算法。该算法把传统计算方法中三维计算空间中的一维通过在图形处理单元(GPU)上进行并行处理,使得总生成时间得到了降低,提高了评分网格的生成效率。实验结果表明,借助于GPU的浮点计算能力,提出的并行算法对比传统的计算方法可以显著缩短评分网格的生成时间,为评分网格的生成提供一种新的方式
【机 构】
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大连理工大学计算机科学与技术学院,大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室,大连东软信息学院计算机科学与技术系
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目（11072048,61170168）
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针对分子对接中生成评分网格需要花费很多的计算时间这一问题,提出了一种基于统一计算设备架构(CUDA)的评分网格生成并行算法。该算法把传统计算方法中三维计算空间中的一维通过在图形处理单元(GPU)上进行并行处理,使得总生成时间得到了降低,提高了评分网格的生成效率。实验结果表明,借助于GPU的浮点计算能力,提出的并行算法对比传统的计算方法可以显著缩短评分网格的生成时间,为评分网格的生成提供一种新的方式。
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