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第一代生物燃料以可食用作物为原料，主要包括玉米、大豆、甘蔗。但是这种对粮食作物的额外需求使得2008年家畜饲料价格大幅上升，第一代生物燃料显然并不是我们所期望的、对环境安全具有积极影响的能源形式。目前，科学家正致力于研究，怎样将农业废弃物、木材及生长更为迅速的草本植物，转化为种类繁多的生物燃料（甚至是航空燃油）。这就是第二代生物燃料，用植物或植物制品作为生物燃料的原材料。