基于马铃薯腐烂茎线虫基因组的SSR信息分析

来源 :金陵科技学院学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dizenxu
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为了研究马铃薯腐烂茎线虫在我国的遗传关系,获得稳定的马铃薯腐烂茎线虫分子标记,使用MISA软件对马铃薯腐烂茎线虫全基因组1761个scaffolds进行搜索,共获得9745个SSR位点,平均11.40kb出现一个SSR。在重复基元中,单核苷酸基元出现频率最高(83.06%),其次为二核苷酸重复基元(10.62%);除单核苷酸重复基元外出现次数最多的重复基元是AT/AT(5.36%)。马铃薯腐烂茎线虫基因组SSR位点长度小于12bp分布最为广泛,占总SSR的59.67%,长度大于30bp的最少,共有114个
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