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从形态、生理生化、16SrDNA3个方面确定了番茄青枯菌拮抗菌株3-1—16的分类地位。光学显微镜下观察到菌体为杆状细胞，革兰氏染色均匀，并可见菌体染成蓝紫色。透射电镜进一步观察到细胞内有许多颗粒状物质，无伴胞晶体。Biolog鉴定，3-1、16与巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）具有最高相似率为98％。16SrRNA分析，3-1-16与巨大芽孢杆菌MO31同源性最高为99．4％。聚类分析显示3-1-16与3株巨大芽孢杆菌聚成一支，支持度为100％。生理生化特征及培养特征测定结果表明，