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以前用粳稻品种通过AFLP分析和PCR—RF—SSCP分析查明了14个特殊的DNA序列；本试验用此序列作为探针来进行了斑点印迹分析。使用从叶片中抽取的DNA作为试样DNA。在用单粒抽取的全部DNA中不能得到十分强的信号，但是使用由PCR扩增了的DNA便可得到品种特殊的信号。用10个探针进行的斑点印迹分析可以完全鉴别供试的31个品种。斑点印迹分析也可以用于鉴别重组自交系的基因型。通过分析Kasalath品种BAC末端序列的BlastN以及重组自交系和染色体片断代换系，