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[目的]确定适合苦参稳定的ISSR-PCR反应体系。[方法]采用经典的CTAB法提取苦参新鲜幼嫩叶片DNA；针对Mg^2＋、dNTPs、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶进行正交设计L16（45），优化黔产苦参ISSR-PCR反应体系。[结果]最适ISSR-PCR反应体系为：模板DNA 90 ng、0.4μmol/L引物、2.0 mmol/L Mg^2＋、Taq DNA聚合酶0.5 U、0.5 mmol/L dNTPs。[结论]建立的苦参ISSR-PCR反应体系，经过19份苦参样品检验，证明该体系稳定