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【目的】了解药用植物内生芽孢杆菌的生物多样性。【方法】采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP、BOX-PCR指纹图谱和16S rDNA序列分析技术对分离于几种药用植物的内生芽孢杆菌和已知参比菌株进行表型、遗传多样性及系统发育研究。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中在84％的相似水平上产生13个表观群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明供试菌株表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明药用植物的内生芽孢杆菌的基因组也具有多样性，聚群的结果与数值分类有较好一致性。用软件在