【摘 要】
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为了明确芦笋EST序列中SSR的总体分布特点,开发芦笋EST-SSR标记,为利用EST-SSR分子标记进行芦笋遗传研究提供了理论依据。本研究从NCBI数据库上获得了8 615条EST,并利用在线
【基金项目】
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江西省自然科学基金项目(20171BAB214024);南昌师范学院11531工程项目共同资助
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为了明确芦笋EST序列中SSR的总体分布特点,开发芦笋EST-SSR标记,为利用EST-SSR分子标记进行芦笋遗传研究提供了理论依据。本研究从NCBI数据库上获得了8 615条EST,并利用在线软件ssrtool和websat检测所含SSR位点序列,并进行分析。共检索出483条SSR序列,检出率为5.61%。其中二核苷酸重复基元的EST-SSR占主导地位,占总SSR数目的 32.3%。利用在线引物设计软件Primer3.0开发了424对EST-SSR引物,随机挑选50对引物,以4份芦笋品种种质资源的DNA为模板,经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,通过筛选验证获得了42对多态性引物,表明开发的EST-SSR具有较好的多态性。这些EST-SSR标记的开发不仅丰富了芦笋的分子标记数量,而且为其种质资源的遗传分析提供了理论依据。
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