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相较普通袋式栽培,金针菇瓶式工厂化栽培的厂房设计更加标准、规范、合理。生产流程中从原料配制、装瓶、灭菌、接种、培养、搔菌、生育出菇到挖瓶等相关环节均采用自动化机械控制,因此投入成本较高。但由于采用了自动化设备,用工数量减少,因而能提高人均工作效率。瓶栽金针菇因其规格、品质、生物转化率较高,应是金针菇工厂化生产发展的方向。