了解2016年至2017年广州市手足口病流行病学及非肠道病毒A组71型(enterovirus 71, EV-A71)病毒非柯萨奇病毒A组16型(coxsaekievirus group A 16，CV-A16)病毒的分子流行病学特征，为其治疗和防控提供依据。
方法运用荧光反转录-PCR对2016年至2017年疑似手足口病患者标本同时进行EV通用型、EV-A71、CV-A16检测，并选取EV-A71和CV-A16是阴性而EV通用型是阳性的标本进行型别鉴定，设计5′非编码区(UTR)引物，RT-PCR扩增后进行序列测定，用BLAST程序进行序列的EV型别确定。
结果2016年至2017年同时进行EV通用型、EV-A71型、CV-A16型3类病毒的疑似手足口病例标本共25 779份，总阳性16 300份，阳性率为63.23%；其中EV-A71阳性1 178份，占4.57%；CV-A16阳性3 274份，占12.70%；非EV-A71非CV-A16EV阳性标本11 848份，占45.96%。2017年非EV-A71非CV-A16EV全年平均检出率(55.68%)比2016年检出率(35.14%)更高。95份非EV-A71非CV-Al6阳性标本的序列分析结果有16种型别，分别为CV-A6、CV-A10、CV-A4、CV-A2、CV-A8、CV-A12、CV-A9、CV-B5、CV-B2、CV-B4、CV-B3、E1、E16、E30、E2和E18，其中CV-A6占主，(26.32%)，其次是CV-A10(15.79%)，这两种病毒占到非EV-A71非CV-A16EV的42.11%。
结论2016年至2017年EV-A71感染较低，2016年4月至7月CV-A16存在一个感染小高峰。2016年至2017年手足口病主要以非EV-A71非CV-A16为主，序列分析表明非EV-A71非CV-A16中以CV-A6和CV-A10为主，应加强对以CV-A6、CV-A10为主的非EV-A71非CV-A16的研究及监测。