【摘 要】
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【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂（Apis cerana cerana,简称中蜂）幼虫肠道参考转录组进行de novo组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子
【机 构】
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福建农林大学蜂学学院,江西省养蜂研究所
【基金项目】
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国家现代农业产业技术体系（蜜蜂）建设专项（CARS-45-KXJ7）, 福建省自然科学基金（2013J01070）
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【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂（Apis cerana cerana,简称中蜂）幼虫肠道参考转录组进行de novo组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫,将纯化的蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis,简称球囊菌）孢子饲喂3日龄幼虫,剖取4、5和6日龄幼虫肠道,液氮速冻。将健康幼虫肠道与感染球囊菌的幼虫肠道同时进行Illumina测序。通过对raw reads的过滤得到clean reads,利用Trinit
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