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高职院校与主管部门的行政隶属关系决定着高职院校与其举办主体、投资主体、管理主体之间的关系。法律对高职院校举办主体的规定为高职院校隶属关系的形成提供合法性，政策对高职院校和举办主体的规范为高职院校的隶属关系提供合规性。不同的隶属关系具有各自的优势与劣势，对高职院校办学具有较大的影响。高职院校隶属关系已经呈现“条块分割”的格局，阻碍政府与高职院校形成良性关系。