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【目的】明确石河子市及周边植物地区上寄生性杂草菟丝子的种类,为其科学防除、有效监控提供依据。【方法】在石河子市内及其周边不同寄主上采集菟丝子茎、花和成熟、饱满的种子,采用形态学特征观察及ITS、rbc L、trn L-F序列分析对其进行鉴定。【结果】经形态学特征观察结合ITS、rbc L、trn L-F序列分析结果将37份菟丝子样品鉴定为2个种,分别为单柱菟丝子(Cuscuta monogyna)和田野菟丝子(Cuscuta campestris)。【结论】单柱菟丝子和田野菟丝子是新疆石河子地区的主要危害种。