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目前生产上推广的抗虫棉都是转基因抗虫棉，主要抗鳞翅目害虫，如棉铃虫、玉米螟、造桥虫等，对非鳞翅目害虫无抗性，如棉叶螨、棉蚜、棉盲椿、烟粉虱等，而近年来棉田中的非鳞翅目害虫有增加的趋势。另外，抗虫棉对鳞翅目害虫（棉铃虫）的抗性，也只在苗期（1、2代棉铃虫）较好，对3代及3代以后的棉铃虫抗性明显下降。因此，种植抗虫棉也要做好防虫工作。