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我国高校是国家知识创新和人才培养的重要基地，是实现科教兴国战略的重要力量。科研管理是高校的一项重要职能，不仅关乎全体教师的切身利益，而且关系到高校的立身之本。改革开放以来，我国高校的科研工作取得了显著的成绩，成为国家科研创新的一支重要力量。然而，我国高校科研管理中存在的一些问题，严重阻碍了其作用的发挥。我国高校目前实行的校、院两级科研管理体系，从理论上而言，有助于明确校、院两级的管理职能和权责范围，发挥各自的优势，提高工作效率。但是，高校科研管理体制滞后、行政化色彩浓厚、科研导向的功利化等问题，不仅造成了学校科研管理机构的权力强大、院级科研管理的功能萎缩，而且造成了管理上的越位、缺位和协调不畅等问题。
为了维护高校科学研究秩序，营造良好科研氛围，增强高校科研能力，调动和保护高校教师的积极性和创造性，教育部于2012年12月17日提出了《教育部关于进一步加强高校科研项目管理的意见》（以下简称《意见》）。该《意见》的提出，为高校科研管理工作的完善提供了新的思路，为进一步深化科研管理体制的改革奠定了基础。
一、高校科研管理工作中存在的问题
第一，科研管理体制滞后、不能与时俱进。高校大都采用校、院两级科研管理体制，科研管理权力过度集中于学校科研管理机构， 学校科研管理机构通过行政管理方式对院系进行直接管理，院系基本无权，成为学校科研管理机构的附庸，完全按照学校下发的文件要求进行管理，缺乏自主权和自治权。由于“学校科研管理机构缺乏调动院系之间科研协作的能力，导致学校科研工作缺乏灵活性，各学科难以交叉和融合，资源难以共享，从而影响了交叉学科的发展。”滞后的科研管理体制，在很大程度上阻碍了高校科研创新能力的发挥。
第二，科研管理方式具有浓厚的行政化色彩。高校的行政化管理色彩较为浓厚，行政权力呈泛化现象。高校的所有活动都受制于行政权力，学术科研活动也不能幸免。众所周知，“权力遵循效率原则，要求下级服从上级。”因此，在行政权力“一统江山”的高校，学术性被行政性取代就在所难免，其后果必然造成学术本位与官本位的价值冲突、学术意志与行政意志的权力冲突、学术群体与行政群体的利益冲突。
第三，科研导向呈现出功利化倾向。高校的科研评价指标是量化的，量化必然产生功利心理和浮躁之风。这种无视学术规律、实行量化评价的科研导向，不仅造成高校的学术泡沫，而且还导致抄袭剽窃现象的蔓延。高校的学术腐败行为，不只发生在普通大学，也发生于名牌高校;涉及的对象不仅包括普通教师，还包括大学校长，不但包括一般讲师，而且包括知名教授甚或院士。
二、完善高校科研管理工作的具体思路
第一，优化高校科研管理体制。上传下达的集权性管理模式，是现行高校科研管理体制的一个突出特点。该模式在管理目标上，片面追求课题数量，忽视社会的需求;在管理过程中，热衷于项目的立项，忽视科研成果的质量和转化;在管理方法上，手段较为落后，满足于发文件发通知，缺乏组织教师跨学科、跨专业、跨领域进行科研协同合作的能力;在管理的态度上，实行被动式管理，仅仅局限于对科研成果、项目、经费使用情况的登记或记录等，很少对教师申报的科研项目进行认真的审查、论证，缺乏主动搜集、加工各类科研信息的积极性，遑论对科研项目全过程的跟踪监管。因此，高校应优化科研管理体制，加强科研管理组织机构建设，理顺科研管理中各部门之间的关系，建立既相对集中又合理分权的模式，发挥校院两级科研管理部门和高校教师的积极性和创造性。与此同时，在构建高校科研体制的过程中要凸显以人为本的精神，充分发挥人的能动性和创造性。
第二，摒弃高校科研的行政化现象。高校科研行政化，是指高校管理部门无视学术科研活动的固有规律，运用行政权力、行政手段对学术科研活动进行管理的现象。行政权力掌握了高校资源的控制权和分配权，造成了高校的官僚化、集权化现象。作为高校职能之一的学术科研活动也不能幸免，都得服从于行政权力。高校科研行政化的直接结果，一是科研的量化考核和GPD化，盲目追求论文的发表数量。二是大学内部行政管理取代学术管理，行政权力无限膨胀挤压学术自治空间，教授治学、学术至上成为空谈。高校科研管理“去行政化”的重点，是要弱化行政权力、彰显学术权力，将行政权力与学术权力相对分离，用学术权力制衡行政权力;要扩大教授群体在高校科研的决策权力，建立保证教授参与高校科研决策的机制;要将行政权力下移，赋予院系和教师更多的自主权，在理念和制度上应实现由领导向服务转型，摒弃“官本位”思想，赋予院系和教师适当的自主权，发挥院系和教师的活力。
第三，建立以质量为导向的科研评价考核制度。高校的科研评价考核制度，旨在激发教师的科研热情和创新精神，通过科研提高教师的科研能力和学术水平，达到科研育人、学术育人的目的，进而培养学生的创新意识和科研能力。现行的高校科研考核制度不尊重学术规律，通过给教师下达高指标的科研数量，让教师成为“学术民工”，造成学术泡沫。为此，高校应转变科研考核导向，摒弃现行量化考核的做法，在借鉴国外高校成功经验的基础上，建立追求学术质量和激发教师创造性的科研评价考核制度，营造求实、创新的学术氛围。我国高校应加强学者共同体评价机制建设，务实地构建学者共同体的实现模式，使学术评价的实施从外行转向内行。
第四，培育崇尚学术的大学精神。高校本该是学术至上的社会组织，由于我国高校存在行政化色彩浓厚的现象，使得学术的价值并不为人们所看重，学术在高校逐渐式微;也使得科学研究重“量”轻“质”，政府奖励和领导人关注成为最重要的评价尺度等。高校行政化改革，必须重视培育崇尚学术的科研精神，使学术成为高校的核心价值。要让学术统率高校，让行政管理工作服从并服务于学术工作，从而使高校成为一座真正的学术殿堂。
总之，高校应以大学的逻辑办大学，尊重大学发展规律和学术科研规律，让大学回归大学，让学术回归学术，使高校成为追求学问和真理的净土。
为了维护高校科学研究秩序，营造良好科研氛围，增强高校科研能力，调动和保护高校教师的积极性和创造性，教育部于2012年12月17日提出了《教育部关于进一步加强高校科研项目管理的意见》（以下简称《意见》）。该《意见》的提出，为高校科研管理工作的完善提供了新的思路，为进一步深化科研管理体制的改革奠定了基础。
一、高校科研管理工作中存在的问题
第一，科研管理体制滞后、不能与时俱进。高校大都采用校、院两级科研管理体制，科研管理权力过度集中于学校科研管理机构， 学校科研管理机构通过行政管理方式对院系进行直接管理，院系基本无权，成为学校科研管理机构的附庸，完全按照学校下发的文件要求进行管理，缺乏自主权和自治权。由于“学校科研管理机构缺乏调动院系之间科研协作的能力，导致学校科研工作缺乏灵活性，各学科难以交叉和融合，资源难以共享，从而影响了交叉学科的发展。”滞后的科研管理体制，在很大程度上阻碍了高校科研创新能力的发挥。
第二，科研管理方式具有浓厚的行政化色彩。高校的行政化管理色彩较为浓厚，行政权力呈泛化现象。高校的所有活动都受制于行政权力，学术科研活动也不能幸免。众所周知，“权力遵循效率原则，要求下级服从上级。”因此，在行政权力“一统江山”的高校，学术性被行政性取代就在所难免，其后果必然造成学术本位与官本位的价值冲突、学术意志与行政意志的权力冲突、学术群体与行政群体的利益冲突。
第三，科研导向呈现出功利化倾向。高校的科研评价指标是量化的，量化必然产生功利心理和浮躁之风。这种无视学术规律、实行量化评价的科研导向，不仅造成高校的学术泡沫，而且还导致抄袭剽窃现象的蔓延。高校的学术腐败行为，不只发生在普通大学，也发生于名牌高校;涉及的对象不仅包括普通教师，还包括大学校长，不但包括一般讲师，而且包括知名教授甚或院士。
二、完善高校科研管理工作的具体思路
第一，优化高校科研管理体制。上传下达的集权性管理模式，是现行高校科研管理体制的一个突出特点。该模式在管理目标上，片面追求课题数量，忽视社会的需求;在管理过程中，热衷于项目的立项，忽视科研成果的质量和转化;在管理方法上，手段较为落后，满足于发文件发通知，缺乏组织教师跨学科、跨专业、跨领域进行科研协同合作的能力;在管理的态度上，实行被动式管理，仅仅局限于对科研成果、项目、经费使用情况的登记或记录等，很少对教师申报的科研项目进行认真的审查、论证，缺乏主动搜集、加工各类科研信息的积极性，遑论对科研项目全过程的跟踪监管。因此，高校应优化科研管理体制，加强科研管理组织机构建设，理顺科研管理中各部门之间的关系，建立既相对集中又合理分权的模式，发挥校院两级科研管理部门和高校教师的积极性和创造性。与此同时，在构建高校科研体制的过程中要凸显以人为本的精神，充分发挥人的能动性和创造性。
第二，摒弃高校科研的行政化现象。高校科研行政化，是指高校管理部门无视学术科研活动的固有规律，运用行政权力、行政手段对学术科研活动进行管理的现象。行政权力掌握了高校资源的控制权和分配权，造成了高校的官僚化、集权化现象。作为高校职能之一的学术科研活动也不能幸免，都得服从于行政权力。高校科研行政化的直接结果，一是科研的量化考核和GPD化，盲目追求论文的发表数量。二是大学内部行政管理取代学术管理，行政权力无限膨胀挤压学术自治空间，教授治学、学术至上成为空谈。高校科研管理“去行政化”的重点，是要弱化行政权力、彰显学术权力，将行政权力与学术权力相对分离，用学术权力制衡行政权力;要扩大教授群体在高校科研的决策权力，建立保证教授参与高校科研决策的机制;要将行政权力下移，赋予院系和教师更多的自主权，在理念和制度上应实现由领导向服务转型，摒弃“官本位”思想，赋予院系和教师适当的自主权，发挥院系和教师的活力。
第三，建立以质量为导向的科研评价考核制度。高校的科研评价考核制度，旨在激发教师的科研热情和创新精神，通过科研提高教师的科研能力和学术水平，达到科研育人、学术育人的目的，进而培养学生的创新意识和科研能力。现行的高校科研考核制度不尊重学术规律，通过给教师下达高指标的科研数量，让教师成为“学术民工”，造成学术泡沫。为此，高校应转变科研考核导向，摒弃现行量化考核的做法，在借鉴国外高校成功经验的基础上，建立追求学术质量和激发教师创造性的科研评价考核制度，营造求实、创新的学术氛围。我国高校应加强学者共同体评价机制建设，务实地构建学者共同体的实现模式，使学术评价的实施从外行转向内行。
第四，培育崇尚学术的大学精神。高校本该是学术至上的社会组织，由于我国高校存在行政化色彩浓厚的现象，使得学术的价值并不为人们所看重，学术在高校逐渐式微;也使得科学研究重“量”轻“质”，政府奖励和领导人关注成为最重要的评价尺度等。高校行政化改革，必须重视培育崇尚学术的科研精神，使学术成为高校的核心价值。要让学术统率高校，让行政管理工作服从并服务于学术工作，从而使高校成为一座真正的学术殿堂。
总之，高校应以大学的逻辑办大学，尊重大学发展规律和学术科研规律，让大学回归大学，让学术回归学术，使高校成为追求学问和真理的净土。