结肠癌相关生物标记物和信号通路的生物信息学筛选

来源 :胃肠病学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sikongshan
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
背景:结肠癌是最常见的恶性肿瘤之一,生物信息学方法能有效挖掘基因芯片数据,筛选结肠癌相关的候选生物标记物。目的:使用生物信息学方法并结合肿瘤公共数据库的分析来筛选结肠癌可能的生物标记物。方法:从GEO数据库中下载GSE44861基因表达谱,以R软件"limma"包筛选差异表达基因,行GO和KEGG分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,选择核心模块并验证核心基因。结果:芯片GSE44861包含来自肿瘤和癌旁正常组织的111个结肠组织。在结肠癌组织中筛选出367个差异表达基因,包括123个上调基因和244个下调基因。GO和KEGG分析显示,差异表达基因分别在生物过程和15条KEGG通路中富集。PPI网络模块鉴定出6个核心基因,结肠癌组织中CXCL1、CXCL3表达升高,CXCL12、LPAR1、PYY、SST表达降低,与验证集GSE44076、Oncomine数据库、GEPIA数据库的验证结果一致。结论:本研究所鉴定的差异表达基因和核心基因可促进对结肠癌分子机制的理解,并且可能成为结肠癌诊断和治疗的分子生物标记物。
其他文献
本文主要探究了比较教育学科建设过程中的三个主要问题,第一是比较教育这门学科的研究对象,第二是中国比较教育研究的走向和几个值得特别关注的问题,第三是比较教育研究的方
我国旅游业发展迅速,但我国旅游资源开发利用中存在着忽视旅游资源特色而过度开发,过度商业利用,不计开发成本,破坏生态环境等问题。因此,必须采取相应对策保护和形成旅游资
15世纪后期,正值日本的室町幕府时代(1336—1573年)。自从嘉吉元年(1441年)第六代将军足利义教被大名赤松满佑暗杀后,政局就变得动荡不安,国内一直笼罩在战争的阴云之中。不
目的探讨清金化痰汤调节慢性阻塞性肺疾病模型大鼠气道黏液高分泌的作用机制。方法 40只清洁级Wistar大鼠随机分为空白对照组(A)、模型组(B)、清金化痰汤组(C)与克拉霉素组(D
"穷国办大教育",是我国发展教育事业所面临的最大挑战,对于高等教育的发展来说,经费短缺是各高校不得不面临的重大问题。教育经费是高等教育事业发展的基础和保障,在国家财政
<正> 批林批孔运动以来,在党的一元化领导下,由于狠批了林彪反革命修正主义科研路线,狠批了“天才论”与“形而上学”等反动观点,解放了思想,提高了贯彻执行毛主席科研路线的
<正>传闻:长安汽车与蔚来汽车签署合作协议。求证:记者致电公司证券部,回复称是有这么个协议。近日,有传闻称,长安汽车(000625)与有着"中国特斯拉"美誉的蔚来汽车签署了合作
光伏系统最大功率跟踪(MPPT)控制器是验证各种MPPT控制算法的关键手段,目前控制器的开发存在开发周期长、代码需要人工编写等缺点。RT-LAB实时仿真平台突出的实时性能使其在
总结了工程项目中业主方项目管理的内容和各阶段控制的重点,通过系统的管理,实现项目整体目标的实现。
知识共享总是嵌入于具体的社会情境之中,因此个体间的网络结构、关系质量以及共同的社会认知对个体间的知识共享效果起着不容忽视的作用。在回顾社会资本理论的基础上,探究了