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本研究采用7对引物对新疆26个天山云杉群体中的945个样本进行了EST-SSR标记分析,揭示其遗传多样性.研究发现,新源和阜康等17个地区群体的基因多样性指数介于0.374～0.520之间;在新源和阜康的种群中发现的位点等位基因数表明海拔和等位基因多样性存在一定正相关关系.根据Hardy-weinberg平衡定律,基于EST-SSR标记的天山云杉天然群体的稀有等位基因频率没有出现偏离(Fis=-0.018),其中92.84％的遗传变异出现于群体内部.通过与其他云杉物种对比分析,表明天山云杉具有中度的遗传多样性水平;在新源、阜康地区发现了7个独有的等位基因.通过天山云杉群体的遗传多样性分析,为天山云杉种质资源的保护和遗传改良提供了实践参考.