在分析博尔塔拉河地表水与地下水水化学特征的基础上,识别了博尔塔拉河不同地带地表水与地下水的补排关系。分析结果认为:1地下水的水化学类型是由HCO3-Ca-MgNa、HCO3-Ca-Mg型向SO4-HCO3-Mg-Ca-Na变化,地表水的水化学类型则是由HCO3-Ca-Mg向SO4-Cl-Na-Mg转变;2博尔塔拉河地下水与地表水的转化以地下水向河流排泄为主,地表径流随着海拔高程的不断降低,蒸发增大,河水的矿化度沿河长不断升高;地下水由于埋藏原因,蒸发作用大大减弱。地下水在淋滤了沉积物中的矿物质后补给地表水,加之地表水蒸发量远远大于地下水,从而使河水中的化学物质逐渐富集。因此,地表水的矿化度大于地下水;3由于博尔塔拉河流域地表水和地下水相互转化率高,水盐运动变化强烈,导致艾比湖湖滨荒漠生态系统逆向演替,呈退化衰败趋势,荒漠和绿洲的缓冲范围越来越小,土地荒漠化趋势越来越明显,草场加速退化,灾害天气易发生。流域植被衰退,生物多样性受到威胁。