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介绍了目标化合物析分系统中所用到的三个重要算法.它们是：最短拓扑距离的求解、析分过程结束的判别以及合成树的构建.分子结构中任意两个原子之间最短拓扑距离的求解是建立在采用队列数据结构的宽度优先搜索算法基础上的.析分过程结束的判别是由在新Morgan算法基础上产生的化合物的唯一编码和B-树两种算法构成.前者是为了将前体与原料库中每个化合物是否同构的复杂问题简化为码之间的比较问题；后者是一种高效文件组织方式，将代表原料库中化合物的唯一编码作为检索键来组织建库，从而实现对原料库的快速查询.合成树采用的是链表存储方