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区域性农业科技创新联盟建设既是当前农业科技创新发展的全新方向,也是实施乡村振兴战略的有效途径。文章阐述了内部审计在区域性农业科技创新联盟中的地位,论述了内部审计机制在区域性农业科技创新联盟中具有激发联盟创新活力、推动产学研一体化、保障资金有效运行等作用,提出了在区域性农业科技创新联盟中建立联盟内部的财务审计制度、绩效审计制度、内部控制审计制度、后续审计制度等建议。