城乡二元结构的形成、固化和“新二元结构”的形成，同城乡之间不公平的制度安排息息相关。改革开放以来，虽然国家对农村制度进行了一系列改革，但是始终没有完全解决城乡之间在制度上存在的差异和不平等。这种制度上的不公，阻碍着城乡二元结构的消解，损害了支撑和谐社会建设的社会公正原则。据笔者看来，目前，我国城乡之间还存在着以下几个方面的不公：
　　土地制度不公。根据现有的土地制度，农村集体土地不能享受国有土地同等的市场地位，难以直接进入一级土地市场，这给农村、农民的利益造成了非常巨大的损失。1986年到1995年建设占地使耕地减少了1.45亿亩，1996年到2006年农村耕地净减少1.23亿亩。根据现有的征地补偿法，农民和农村在土地非农化增值中受益非常之少，只要集体土地始终不能直接进入一级土地市场，这种经济资源、收入向非农、城市倾斜的格局就难以得到有效扭转。
　　财产制度不公。按现有的财产制度，农民对其房产的权利是不完整的，因为农村的房子不能像城市居民的房子一样可以在房地产市场上自由买卖。这样的制度不公给农民带来的损失也是显著的。首先，由于农村房子不能自由交易，农民不能用之抵押贷款，限制着农民的创业能力和发展机会。其次，农民不能从房子交易中实现更大的利益，阻碍了农民的自由流动。最后，农民还被限制了盖房子的权利，一户只有“一宅”，而城市居民可以有许多“宅”。为什么同样是中国公民而会有如此不公呢？对农村房子可以买卖便会导致大批农民成为城市“流民”的担心，显然低估了农民的理性决策能力，更漠视了农民的基本权利。
　　代表制度不公。当前，我国的人大代表制度存在着城乡不平等的问题。按现有的人大代表组织法，在人大代表资格上4个农村居民才能抵上1个城市居民；操作层面上，不少地区几乎没有真正的农民代表，这直接导致涉及农村、农民的立法时缺乏农民代表的声音。与此同时，在目前的全国党代表中，农村党员的比重也明显偏少。对于这一问题，党的十七大报告中已经提出，“建议逐步实行城乡按相同人口比例选举人大代表”。
　　行政管理上不公。在现有的行政中，乡镇政府无论是在职能还是权力上都在不断地被削弱，越来越不像一级完整的政府。许多乡镇基本上已经没有独立的财权和决策权，更多的只是执行权。乡镇行政存在严重的事权与财权不匹配的问题。与此同时，村委会虽然是农村自治组织，但是担负着许多行政职责和任务，自治能力得不到有效发挥。
　　公共服务和公共产品供给不公。在目前的乡镇行政机构改革中，公共权力不断被上级政府收回，以至于乡镇政府不能直接向农民提供便捷、有效的公共服务。政府向农村提供的公共产品根本不能与城市相比，城市所有道路、公办学校、医院等等公共产品都是由政府提供的，而且还是高质量的，而在农村，虽然国家加大了向农村提供公共产品的力度，但仍要地方财政予以配套，比如道路村村通工程，由于中西部欠发达地区地方财力有限，最终许多负担还是转嫁给了农民。迄今为止，全国还没有一个省市完全实现城乡公共产品和公共服务一体化。以办结婚证为例，在城市是件非常方便的事，而在有的农村，因登记权被收归县民政局，而使农民不得不前往县城才能办理结婚登记。
　　司法资源配置不公。目前，不论是警力还是法官、律师等司法资源，主要集中在城市，农村非常奇缺，而且品质不高，这使农村的社会治安管理更多地要靠农民自身。农村律师资源也相当短缺，一些农村只得依靠所谓“赤脚律师”的法律服务。另外，我国法律中仍然存在着所谓城乡居民“同命不同价”的不平等规定，在一定程度上损害了农民的平等法律权益。
　　组织制度不公。相比城市而言，农村的社会组织数量极少。这一方面与农村的社会发展水平不高有关，因为社会组织的发展确实需要各种社会条件；另一方面也与我国现行的组织安排有直接关系，比如城市职工有全国性工会组织，而农民则没有自己全国性组织；城市有妇联组织，而农村却缺乏基层妇联组织（乡镇只有妇联委员）；城市有工商联组织，而农村则没有。
　　社会保障制度不公。我国社会保障制度尚未完全覆盖到农村地区（除救濟助困制度外）。除农村新型合作医疗制度和最低生活保障制度外，农村缺乏类似城市的养老保障制度、失业保障制度、商业保障制度等。至于农村有限的医疗保障和最低生活保障也不能与城市相提并论，城市中的单位制社会福利是农民根本无法奢望的。在这样的情况下，农民生病问题、养老问题、失业问题以及意外伤亡事故等，只能靠自己去解决，农民和农村的抗拒风险的能力仍然相当脆弱。
　　就业制度不公。我国就业政策和制度并不涵盖农民务农劳动，务农缺乏相应的政策保护和福利待遇。农民外出或者就地实现非农就业，也难以获得同工同酬、同工同权、同工同时的制度地位和政策待遇。尽管新《劳动合同法》在一定程度上解决了农民工的就业权利问题，但是，在就业促进、就业培训、就业保险、失业救助等方面，尚未建立统一的制度，难以实现城乡的一体和平等。
　　以上的简要分析可能有失偏颇，但我们不能不承认它们的客观存在，不能不正视其对城乡一体化的阻碍，它们违背了社会公平原则，不利于城乡均衡、和谐发展，也阻碍了“以工补农、以城带乡”政策的贯彻。因此，在继续加大推动惠农政策的力度的同时，国家需要全面审视现行的城乡制度，进行一场新的城乡制度改革。只有这样，才能确保科学发展观的有效落实，才能更好地实现城乡统筹发展，促进农村发展和现代化建设。（作者系中国社会科学院社会学研究所研究员）