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采用三维电磁场模拟软件ISFEL3D计算分析了圆柱盒型窗在加工制作过程中，几种可能出现的两端矩形波导位置偏差对输出窗传输特性的影响，给出了驻波比随偏差量的数值关系曲线，并重点研究了哪些偏差有可能导致圆柱盒型窗中产生鬼模振荡。结果表明：两端矩形波导位置偏差对圆柱盒型窗驻波比的影响都不是很严重，但是若一端矩形波导位置沿垂直于宽边方向偏移或偏转一定角度时，有可能激发圆柱盒型窗中的鬼模振荡，从而对输出窗以至整个大功率微波系统造成严重危害。