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目的 了解2006年新疆和田甲型肝炎病毒(HAV)流行株基因型特征,为HAV溯源研究打下基础.方法 收集了新疆和田部分甲肝病人血清标本,用HAV结构.非结构区基因VP1-2A引物,经核酸提取,RT-PCR,序列测定,对HAV进行基因分型研究.结果 新疆和田VP1-2A区HAV核苷酸序列变异为0%～3.9%,分为不同基因簇,但都属1A亚型;VP1-2A区氨基酸序列只有0～2个差异.与已发表的2005年新疆伊犁部分甲肝病毒流行株基因有相同序列或同源性较高.结论 和田有多株甲肝病毒存在,本研究流行可能有多个传染源,多个传播链,在人群免疫水平较低时,引起甲肝流行.结果 表明HAV分子流行病学方法在HAV流行株遗传变异及溯源研究中,以及控制HAV流行中具有重要作用。