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单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平上获得全转录组表达谱,在发现新的细胞亚群,确定细胞异质性及疾病标志性致病基因以及细胞转化过程中发挥重要作用。本文对scRNA-seq技术的核心步骤和在自身免疫病领域的应用进行了详细阐述。此项技术可以拓展到自身免疫病更多深入研究中,未来逐渐指导临床诊断、治疗。