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以木瓜属(Chaenomeles)植物基因组DNA为模板,采用五因素二次正交旋转组合设计(实施),对PCR反应的5个因素(Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA)进行研究,首次建立了PCR反应的各因素编码值与PCR结果评分值之间的数学模型。利用该模型,建立了PCR反应的最优体系,并进行了验证。最优体系的成功建立表明,该优化方法是稳定可靠的,可以为其他物种的PCR体系优化提供借鉴。