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水功能区监测对及时掌握水功能区水质状况和达标情况，对加强水功能区监督管理和水环境建设具有重大意义。为了解南京市水功能区水质现状以及变化趋势，江苏省水文水资源勘测局南京分局从2003年7月开始，对南京市部分重点水功能区进行定期监测，并逐步加大监测范围和监测频次，现已扩展到南京市所有112个水功能区。