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《中国国家疾病控制信息系统》应用以来，国家和地方政府投入了巨大的人力、物力和财力，各级卫生行政部门和疾控中心进行逐级、系统的培训，2004年4月1日起新疆巴音郭楞蒙古自治州疫情网络直报工作与全国同步实施。实施以来，巴州传染病疫情网络直报运行正常，也发现不少问题，在自治区网络直报信息质量评价连续两年排名较后，现分析如下。