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通过对国家自主创新示范区的比较分析,总结了中关村、东湖、张江示范区在支柱产业、知识产权、创新产出、人才政策、企业扶持各方面的特色。总体上,三个国家自主创新示范区在原创性、产学研合作、创新体系建设和知识产权保护方面还存在不足,建议三个国家自主创新示范区进一步加大产学研的合作力度,完善科技中介服务体系与知识产权保护体系。