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（三）金融贷款利息支出抵扣进项税额问题
此次金融业营改增不彻底，存在明显的制度设计缺陷。虽然金融机构实行税款抵扣制，增值税抵扣链条趋于完整，体现了税制的公平性，但是，对于下游客户而言，如果属于一般纳税人，则仅允许抵扣接受直接收费金融服务所支付的手续费、佣金、管理费、服务费、开户费、结算费等各类费用支出的进项税额，而贷款利息支出不允许抵扣进项税额.金融商品转让也不能获得增值税专用发票（政策规定金融机构转让金融商品时不得开具增值税专用发票），这导致了金融借贷环节大量利息支出的进项税额得不到抵扣，造成增值税抵扣链条中断，增加了金融机构下游客户的增值税负担。
“贷款利息支出不允许抵扣进项税额”的政策规定，最大的缺陷在于未能打通金融业与实体经济之间的增值税抵扣通道，税款抵扣链条被割断了，这极大地影响着实体经济举债经营的积极性，实体经济可能因此而产生对融资租赁的更多依赖。但融资租赁只能满足缺乏购买设备或不动产所需资金的融资诉求，对于缺乏货币资金运营的企业而言，无法找到能够满足抵扣进项税额的融资渠道。
（四）选择采用简易计税方法的合理性问题
为了防止营改增各行业税负增长现象的发生，自财政部、国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）开始，就规定了除了小规模纳税人外，增值税一般纳税人可以选择简易计税方法的多种情形.以兑现李克强总理关于“各行业税负只减不增”的承诺。比如，建筑行业的增值税一般纳税人在处理建筑工程老项目时可采用简易计税方法，税率为3%，在服务发生地预缴税款，在机构所在地纳税申报。预缴税款=（全部价款+价外费用-分包款）÷（1+3%）x3%，应缴增值税=[（全部价款+价外费用一分包款）÷（1+3%）x3%]-预缴税款。
不动产经营租赁服务选择简易计税方法时区分以下三种情况：（1）房地产开发企业中的一般纳税人.出租自行开发的房地产老项目，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额；（2）房地产开发企业中的一般纳税人，出租其2016年5月1日后自行开发的与机构所在地不在同一县（市）的房地产项目，应按照3%预征率在不动产所在地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报；（3）房地产开发企业中的小规模纳税人.出租自行开发的房地产项目，按照5%的征收率计算应纳税额。
金融业的涉农服务业选择简易计税方法时区分以下两种情况：（1）农村信用社、村镇银行、农村资金互助社、由银行业机构全资发起设立的贷款公司、法人机构在县（县级市、区、旗）及县以下地区的农村合作银行和农村商业银行提供金融服务收入，可以选择适用简易计税方法按照3%的征收率計算缴纳增值税；（2）对中国农业银行纳入“三农金融事业部”改革试点的各省、自治区、直辖市、计划单列市分行下辖的县域支行和新疆生产建设兵团分行下辖的县域支行（也称县事业部），提供农户贷款、农村企业和农村各类组织贷款取得的利息收入，可以选择适用简易计税方法按照3%的征收率计算缴纳增值税。
选择采用简易计税方法的情形可划分为以下几种情况：（1）简易计税方法出于税制平稳过渡考虑，防止老项目在营改增后出现税负激增的现象，选择采用简易计税方法可以保证平稳过渡。比如，2016年4月30日之前动工的建筑承包工程老项目、房地产开发老项目，允许采用简易计税方法。但这种情形不会长久存在，等老项目结束之后就不会再有此类情况。（2）对于营改增后抵扣较少造成税负激增的业务模式，允许选择采用简易计税方法。这一种情形属于税收照顾和例外事项的特殊性规定。比如，建筑业常见的“清包工”、“甲供工程”业务模式，因为建筑业乙方企业存在建筑材料抵扣较少甚至没有任何抵扣的情况，允许选择简易计税方法以有效控制该类业务的税负率。（3）某项业务在营业税制度下享受低税率优惠，营改增后延续该项优惠税率政策，即采用简易计税方法保证该项业务享受低税率待遇，这属于税收优惠范畴。比如，县及以下级别的农村合作银行和农村商业银行提供的涉农金融服务业务，可以选择简易计税方法，适用3%的优惠税率。（4）采取差额计税方式的某些业务，选择简易计税方法可以控制销售额以保证该业务模式下不会产生过高的增值税负担。比如，劳务派遣、人力资源外包服务等业务，允许选择采用简易计税方法差额计税，即以全部价款和价外费用减去代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理的社会保险、住房公积金后的余额确认为销售额。
虽然简易计税方法的应用都有一定条件和理由，但是这种处理思路还是破坏了税收规则。简易计税方法可以视为一种对特殊事项的例外处理，但只要是例外处理，就一定会和常规处理思路相违背，而且营改增政策中给出如此之多的例外事项，多多少少会对常规事项产生一定冲击。简易计税方法对例外事项的处理思路合理吗？能否对简易计税方法的科学性给予充分解释？其实，社会各界不愿面对更多的例外事项的例外处理。例外不就是意味着给予另一种形式的优惠吗？公平吗？在此次营改增试点中广泛采用简易计税方法的现象是值得我们深思的。能否从实践层面验证其科学性及适用范围的科学性是一个值得探讨的话题。
此次金融业营改增不彻底，存在明显的制度设计缺陷。虽然金融机构实行税款抵扣制，增值税抵扣链条趋于完整，体现了税制的公平性，但是，对于下游客户而言，如果属于一般纳税人，则仅允许抵扣接受直接收费金融服务所支付的手续费、佣金、管理费、服务费、开户费、结算费等各类费用支出的进项税额，而贷款利息支出不允许抵扣进项税额.金融商品转让也不能获得增值税专用发票（政策规定金融机构转让金融商品时不得开具增值税专用发票），这导致了金融借贷环节大量利息支出的进项税额得不到抵扣，造成增值税抵扣链条中断，增加了金融机构下游客户的增值税负担。
“贷款利息支出不允许抵扣进项税额”的政策规定，最大的缺陷在于未能打通金融业与实体经济之间的增值税抵扣通道，税款抵扣链条被割断了，这极大地影响着实体经济举债经营的积极性，实体经济可能因此而产生对融资租赁的更多依赖。但融资租赁只能满足缺乏购买设备或不动产所需资金的融资诉求，对于缺乏货币资金运营的企业而言，无法找到能够满足抵扣进项税额的融资渠道。
（四）选择采用简易计税方法的合理性问题
为了防止营改增各行业税负增长现象的发生，自财政部、国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）开始，就规定了除了小规模纳税人外，增值税一般纳税人可以选择简易计税方法的多种情形.以兑现李克强总理关于“各行业税负只减不增”的承诺。比如，建筑行业的增值税一般纳税人在处理建筑工程老项目时可采用简易计税方法，税率为3%，在服务发生地预缴税款，在机构所在地纳税申报。预缴税款=（全部价款+价外费用-分包款）÷（1+3%）x3%，应缴增值税=[（全部价款+价外费用一分包款）÷（1+3%）x3%]-预缴税款。
不动产经营租赁服务选择简易计税方法时区分以下三种情况：（1）房地产开发企业中的一般纳税人.出租自行开发的房地产老项目，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额；（2）房地产开发企业中的一般纳税人，出租其2016年5月1日后自行开发的与机构所在地不在同一县（市）的房地产项目，应按照3%预征率在不动产所在地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报；（3）房地产开发企业中的小规模纳税人.出租自行开发的房地产项目，按照5%的征收率计算应纳税额。
金融业的涉农服务业选择简易计税方法时区分以下两种情况：（1）农村信用社、村镇银行、农村资金互助社、由银行业机构全资发起设立的贷款公司、法人机构在县（县级市、区、旗）及县以下地区的农村合作银行和农村商业银行提供金融服务收入，可以选择适用简易计税方法按照3%的征收率計算缴纳增值税；（2）对中国农业银行纳入“三农金融事业部”改革试点的各省、自治区、直辖市、计划单列市分行下辖的县域支行和新疆生产建设兵团分行下辖的县域支行（也称县事业部），提供农户贷款、农村企业和农村各类组织贷款取得的利息收入，可以选择适用简易计税方法按照3%的征收率计算缴纳增值税。
选择采用简易计税方法的情形可划分为以下几种情况：（1）简易计税方法出于税制平稳过渡考虑，防止老项目在营改增后出现税负激增的现象，选择采用简易计税方法可以保证平稳过渡。比如，2016年4月30日之前动工的建筑承包工程老项目、房地产开发老项目，允许采用简易计税方法。但这种情形不会长久存在，等老项目结束之后就不会再有此类情况。（2）对于营改增后抵扣较少造成税负激增的业务模式，允许选择采用简易计税方法。这一种情形属于税收照顾和例外事项的特殊性规定。比如，建筑业常见的“清包工”、“甲供工程”业务模式，因为建筑业乙方企业存在建筑材料抵扣较少甚至没有任何抵扣的情况，允许选择简易计税方法以有效控制该类业务的税负率。（3）某项业务在营业税制度下享受低税率优惠，营改增后延续该项优惠税率政策，即采用简易计税方法保证该项业务享受低税率待遇，这属于税收优惠范畴。比如，县及以下级别的农村合作银行和农村商业银行提供的涉农金融服务业务，可以选择简易计税方法，适用3%的优惠税率。（4）采取差额计税方式的某些业务，选择简易计税方法可以控制销售额以保证该业务模式下不会产生过高的增值税负担。比如，劳务派遣、人力资源外包服务等业务，允许选择采用简易计税方法差额计税，即以全部价款和价外费用减去代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理的社会保险、住房公积金后的余额确认为销售额。
虽然简易计税方法的应用都有一定条件和理由，但是这种处理思路还是破坏了税收规则。简易计税方法可以视为一种对特殊事项的例外处理，但只要是例外处理，就一定会和常规处理思路相违背，而且营改增政策中给出如此之多的例外事项，多多少少会对常规事项产生一定冲击。简易计税方法对例外事项的处理思路合理吗？能否对简易计税方法的科学性给予充分解释？其实，社会各界不愿面对更多的例外事项的例外处理。例外不就是意味着给予另一种形式的优惠吗？公平吗？在此次营改增试点中广泛采用简易计税方法的现象是值得我们深思的。能否从实践层面验证其科学性及适用范围的科学性是一个值得探讨的话题。