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中、下侏罗统煤系为准噶尔盆地天然气藏的主要源岩，砂岩体、断层及不整合面为主要通道，三工河组上部和八道河组上部泥岩为区域盖层。以古气势为依据，盆地内可以划分出若干个运聚系统：莫索湾-石西运聚系统可以寻找到中低丰度的天然气聚集；石河子-呼图壁运聚系统可能有重大发现；滴西-阜康运聚系统中，除彩南地区已发现三工河组气田外，阜康东北地区亦是另一有利区；小拐-车排子运聚系统、玛湖运聚系统则难以形成大的天然气聚集。准噶尔盆地侏罗系主要存在原生和残余次生两大类4小类油气藏。