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多主体信息系统集成建立在原有信息系统知识共享并进行知识创新的基础上,知识创新需要付出努力成本,同时系统集成服务商作为“主集成商”加入可能挫伤原系统服务商参与知识创新并付出努力成本的积极性。通过构建知识创新成本模型以及两阶段博弈算法演算,提出原系统服务商共同参与知识创新并分担创新成本将有助于提升系统集成质量,并且最优成本分担比例受到委托方知识积累效率和自身知识积累效率的共同影响,原系统服务商接受成本分担受到系统集成知识创新度、委托方知识积累效率以及自身知识积累效率的影响。