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[目的]研究紫花苜蓿菌核病抗病基因的ISSR标记技术。[方法]运用ISSR分子标记技术，结合集群分离分析法对5株抗病植株和7株感病植株进行抗菌核病基因连锁的分子标记筛选；用叶片离体接种法对高抗83号×高感4号杂交F1代的94个植株进行抗性验证。[结果]在93个ISSR引物中，有35个引物能够产生清晰稳定的扩增条带，其中6个引物能在抗病、感病DNA池间产生9个特异性条带。抗性验证试验结果昆示：825-1400、831-1480、850-1800、858-1600、866-1900、888-1400