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在我国农村基层畜牧兽医站的管理体系并没有能够得到很好的发展和进步，在基层畜牧兽医防疫工作进行实际的管理中，县一级管理机构都不一致，在个别地方还存在没有专门机构来对农村基层畜牧兽医工作进行管理，那么在对基层畜牧兽医工作进行实际的管理过程中效率比较低。还存在着村级防疫体系不健全，甚至个别地方未建立，这与国务院相关规定不相符。乡镇畜牧兽医工作人员既是指挥员又是战斗员，在很大程度上既影响防疫工作，由影响检疫执法等应监管工作。