黑暗、潮湿、令人感到可怕的洞穴也存在着生命的喧嚣、自然界的新陈代谢。形形色色的洞穴生物在这里生息、繁衍和竞争。正是它们，构成了独特的洞穴生态系统。
　　生物学家通常将洞穴分为3个带：洞口带、中间带和黑暗带。洞口带又称微光带，是指从洞穴在地表的开口处到阳光无法到达的地方，这里的光、温度、气压等都受地表的日变化和季节变化的影响而变化。黑暗带是常年无光的地方，洞穴深处差不多可以说是“绝对黑暗”，照像底片即使放置一周也不会感光。这里的气温终年恒定，大气成分变化极小，相对湿度往往接近于饱和。中间带处于洞口带和黑暗带之间，此带长年黑暗，但温度有一定的变化。
　　
　　几种特殊的洞穴动物
　　
　　1.韦托莫洞内的“萤火虫”：新西兰韦托莫洞穴内，有一种蚋的幼虫，能发出微弱的光亮，当地人称之为“萤火虫”。它们的发光，与其说是为了看清周围的景物，不如说是为了使自己能被别的生物发现。它们隐藏在洞顶，垂下一条条附有黏液的长丝状的“钓鱼线”，这些线短的2、3厘米，长的可达50厘米，洞穴内一些小生物(如小的蚊、蝇)被它们发出的光亮吸引，而被长丝上的黏液粘住，于是洞内萤火虫便拉起“钓鱼线”，吃掉被捕的小虫。这种小虫的发光，是它们在黑暗环境中获得食物的特殊手段。
　　2.洞穴鱼、虾和蜊蛄：洞穴鱼缺乏色素，呈白色或淡桃红色。洞穴盲鱼一般小于10厘米，虽然视觉退化，但有着特别敏锐的嗅觉，能感知非常微弱的气味，它的触觉器官也十分敏锐，能探知水中小动物的活动。这些特点，可以使盲鱼在完全黑暗的环境中获得食物和逃避敌害。洞穴虾由于缺乏色素身体更为透明，能从外部看见它的内脏，好象是透明的塑料制品似的。无色的蜊蛄最为透明，亮光照进水池时可以透过它的身体，人们常常是先发现它的身影，而后才注意到它的身体。
　　3.洞螈：它们是被发现和研究得最早的洞穴动物，其中不少种属于真洞穴动物。它们没有眼，身体呈白色，如果将它们拿到洞外的阳光下，能很快地发育出褐色色素。大多数洞螈的皮肤可以呼吸，只要皮肤上有水分，就可以和空气发生氧和二氧化碳的交换。洞螈吃扁虫、甲壳类和昆虫，甚至吃洞穴黏土中的有机物碎屑，即使完全得不到食物供给，它们也可以生存一年或更长的时间。洞穴环境造成了洞螈在繁殖上的特殊习性，如果温度高于15℃，洞螈就产出小幼体，而温度低于15℃时则产卵，再由卯孵化出幼体。二、三岁的小洞螈有眼睛，以后眼又退化而失去作用。
　　4.洞穴蟋蟀：这是洞穴中最常见的动物，有数百种之多。身体短而粗，肢长，无翅，不发出叫声，褐色、灰色或白色，成群地出现在洞顶或洞壁。洞穴蟋蟀的视觉退化，靠不停地抽动着的长触须来探查道路和寻找食物。它们主要吃甲虫，而自己又为洞穴蜘蛛所吃。
　　5.洞穴蜘蛛：它是洞穴中最大的吃食者，几乎可以捕食任何洞内生物，甚至蝙蝠那样的动物。由于洞内食物稀少，所以它们不能单靠结网坐等食物上门，而必须亲自去驱赶较小的动物使之落网。许多热带洞穴中蜘蛛的身体常有手掌那样大，脚的跨度可达45厘米。
　　6.蝙蝠和金丝燕：蝙蝠通常白天在洞内休息，用尖利的爪钩住石灰岩洞顶的微小突起，头朝下地倒挂着，它们往往成千上万，甚至上百万只地居住在一个洞穴内。蝙蝠捕食大量的昆虫，因而在洞内留下大量的粪便，成为洞穴中低等动物最重要的食物来源。金丝燕居住在马来亚、爪哇和我国南方的洞穴中，它的巢是由羽毛、苔藓等混合着它的唾液造成的，这就是供药用、食用的著名的“燕窝”。
　　
　　洞穴食物链
　　
　　由于洞穴中生物量少，食物来源少，所以洞穴食物链从总体上看比地面的要简单些，但正由于食物缺少，所以洞穴动物必须充分利用这些来之不易的食物，这就造成了洞穴动物的多食性，几乎什么东西都吃，这又使食物链变得较为复杂。
　　在洞穴环境中，光合作用不能进行，因此食物链基部的生物营养物质必须从地面，即洞外带来。这些物质包括直接从落水洞进入或由地下河带人的各种动、植物残体，和栖息在洞内的蝙蝠、金丝燕的粪便等。它们可以被一些真洞穴动物及喜洞穴动物直接食用，同时还繁殖着大量的真菌、细菌、放线菌等微生物，这些微生物很大一部分作为分解者而存在，将动、植物残体、粪土等分解成可供其他生物食用的营养物质，而它们本身则也是另一些生物的食物。因此微生物及包含它们的粪土、黏土等组成了洞穴食物链的第一级。洞穴食物链的第二级，在干的洞穴通道里是马陆、蜈蚣及无翼昆虫；在水中是扁虫、端足类、甲壳类动物。洞穴食物链的第三级，在干洞穴通道上以嶂螂、蟋蟀、甲虫为代表，它们吃那些较小的动物，如马陆、蜈蚣之类，也吃粪、吃被冲进洞内的动植物残体、吃死蝙蝠；在水体中，洞穴盲鱼、蜊蛄等为这一级的代表。处于食物链金字塔顶部的动物，大概要数蜘蛛和洞螈了。它们可以吃洞穴中任何其他动物，而它们自己则极少有敌人。只有当它们死了以后，遗体才成为别的动物的美味佳肴。