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过程研究与自组织理论是破解政府创新黑箱的重要理论工具。过程研究能够破解政府创新黑箱的内部构成阶段与要素,而自组织理则阐明了政府创新内部构成阶段与要素的运行方式。通过对政府创新过程自组织运行方式的研究可以发现,政府创新过程具有自创生、自生长、自适应与突变性四个自组织运行特征,而建立开放的政府创新网络、有效的创新整体目标引导机制、创新反馈机制与创新评价选择机制,对于实现政府创新过程朝着新的、更高层次的自组织有序运行具有重要作用。