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用BarnHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过POR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型（纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马）共256匹马的mtDNA Cytb基因部分序列多态性。用8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将酶切产物分离，并用银染法显色。结果BarnHⅠ和TaqⅠ表现出多态，5种酶共检测到7种态型，归纳为3种单倍型，以单倍型Ⅰ和Ⅲ为主体单倍型，但通过一个特殊的酶型BarnHⅠ-B分析推测所研究的马可能起源于一个母系祖先。