PNmerger：一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件

来源 :生物化学与生物物理进展 | 被引量 : 0次 | 上传用户：sswei1988

【摘要】

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Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信

【作者】

：

孙汉昌李栋王建刘中扬朱云平谢红卫贺福初

【机构】

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国防科技大学机电工程与自动化学院自动控制系,蛋白质组学国家重点实验室、北京蛋白质组研究中心、军事医学科学院放射与辐射医学研究所

【出处】

：

生物化学与生物物理进展

【发表日期】

：

2009年12期

【关键词】

：

系统生物学生物学通路蛋白质-蛋白质相互作用交联元件通路扩展 cytoscape插件 systems biology biological pathway

【基金项目】

：

国家重点基础研究发展计划（973）资助项H（2006CB910803,2006CB910706）,国家高技术研究发展计划（863）资助项目（2006AA02A312）,国家科技重大专项（2008ZX10002-016,2009ZX09301-002）,国家自然科学基金（30621063,30800200）和蛋白质组学国家重点实验室课题（SKLP-Y200811）资助项目.

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Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http

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