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Ｏ１３９霍乱弧菌作为一种新出现的霍乱病原体，有许多重要的分子特征：溶源性噬菌体ＣＴＸХ具有生物特异性免疫机制，而且有不依赖ＴＣＰ菌毛的普遍性转导的感染方式；ＶＰＩ毒力岛由噬菌体ＶＰＩХ携带，可以在菌株间水平转移，这些都为设计生物安全性菌苗提出了难题。染色体上的ＲＴＸ毒素家族具有细胞毒性；ＳＸＴ携带多种抗生素抗性基因，可以发生位点特异性重组；ｐＴＬＣ，一种静息质粒也与噬菌体的复制等功能有关；该菌携带