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基于土壤有机碳长期定位监测的动态变化,阐述了玛河流域棉田土壤有机碳的平衡状况,20世纪90年代以前,培肥方式单一,棉田土壤有机碳积累呈下降趋势,土壤有机碳亏缺;20世纪90年代中期以后,随着秸秆还田面积的不断扩大,棉田土壤有机碳呈盈余状态.秸秆还田比率的多少,是决定玛纳斯河流域棉田土壤有机碳亏缺与盈余的决定性因素.