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基于土壤有机碳长期定位监测的动态变化，阐述了玛河流域棉田土壤有机碳的平衡状况，20世纪90年代以前，培肥方式单一，棉田土壤有机碳积累呈下降趋势，土壤有机碳亏缺；20世纪90年代中期以后，随着秸秆还田面积的不断扩大，棉田土壤有机碳呈盈余状态．秸秆还田比率的多少，是决定玛纳斯河流域棉田土壤有机碳亏缺与盈余的决定性因素．