【摘 要】
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微卫星或简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)在真核和原核生物以及病毒基因组中普遍存在,并被广泛用于遗传与进化研究。本研究从NCBI中下载埃博拉病毒属的四个不同种
【机 构】
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湖南大学生物学院生物信息学中心; 中国检科院动植物检疫研究所;
【基金项目】
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2016年中国国家重点科学研究和发展计划(2016YFD0500300和2016YFC1200200);海量跨境生物物种查验控制技术研究与应用(2017YFF0210300);海量跨境物种大数据平台及评估预警系统(2017YFF0210301)共同资助
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微卫星或简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)在真核和原核生物以及病毒基因组中普遍存在,并被广泛用于遗传与进化研究。本研究从NCBI中下载埃博拉病毒属的四个不同种的埃博拉病毒全基因组序列,筛选36条作为实验材料,利用IMEx在线提取软件提取SSRs,用Python编程统计数据,从而分析SSRs在埃博拉病毒全基因组序列中的分布情况。分析得出,埃博拉病毒基因组序列中二型SSRs含量最为丰富,其次是一型SSRs,三型SSRs有少量,四型SSRs则更少,没有发现五型和六型SSRs。在更深入的分析中得出在埃博拉病毒属四个种中,含A/T碱基的SSRs含量远远大于含C/G碱基的SSRs。分析得出一型SSRs中(A)n/(T)n远多于(G)n/(C)n,二型SSRs中不存在(GC/CG)n,三型中也不存在(GGC/CGG/GCG/CCG/CGC/GCC) n。上述发现可能跟埃博拉病毒的致病机理有密切联系。通过对埃博拉病毒基因组序列中SSRs的分析,为研究埃博拉病毒的变异情况及致病机制提供更多参考。
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