【摘 要】
：
本研究利用微卫星搜索软件MISA,对鲤鱼全基因组中的完整型微卫星进行了搜索,并对其分布规律进行了分析,同时对微卫星定位在编码区域的基因进行了GO注释、富集和KEGG富集分析.结果显示,在约1.7Gb鲤鱼全基因组中,共搜索出837004个完整型微卫星,相对丰度为488个/Mb.微卫星总长度为15513551 bp,占鲤鱼全基因组大小的0.91％,相对密度为9051 bp/Mb.在6种完整型微卫星中,单碱基微卫星数目最多,共有495421个,在6种微卫星中占比59.19％;其他依次是二碱基(26.79％)、三
【机 构】
：
菏泽学院生理生化及应用实验室,山东 菏泽274000
论文部分内容阅读
本研究利用微卫星搜索软件MISA,对鲤鱼全基因组中的完整型微卫星进行了搜索,并对其分布规律进行了分析,同时对微卫星定位在编码区域的基因进行了GO注释、富集和KEGG富集分析.结果显示,在约1.7Gb鲤鱼全基因组中,共搜索出837004个完整型微卫星,相对丰度为488个/Mb.微卫星总长度为15513551 bp,占鲤鱼全基因组大小的0.91％,相对密度为9051 bp/Mb.在6种完整型微卫星中,单碱基微卫星数目最多,共有495421个,在6种微卫星中占比59.19％;其他依次是二碱基(26.79％)、三碱基(8.48％)、四碱基(4.21％)、五碱基(1.25％)和六碱基(0.07％)类型微卫星.其中,A、AC、AT、AAT、AG、C、AAAT、AAC、AGAT、AAG依次为鲤鱼全基因组中出现次数最多的前十种微卫星类别,表现出明显的A/T碱基优势.通过对全基因组微卫星进行定位,共24222个微卫星定位在基因外显子上,并分布在3853个基因上.GO功能注释的1758个GO条目中,注释到生物学过程的条目数和基因数均最多,GO功能富集最为显著的条目是代谢过程的调节.KEGG富集表明,机体系统分支富集到的基因总数最多.环境信息处理分支中的鞘脂信号通路基因富集最为显著.分布到代谢分支的通路种类最为广泛.分析结果推测,定位在基因编码区域的微卫星可能在细胞间信息交流、信号转导、细胞新陈代谢以及生物合成调控等方面发挥作用.本研究为鲤鱼后续的种群遗传信息评估、微卫星引物的开发及功能鉴定等提供了数据支持.
其他文献
基于溶剂热法成功制备了BiOCl/UiO-66(Zr)-NH2(BUN)异质结复合材料,并通过XRD、TEM、SEM和DRS等对材料的晶相结构、表面形貌和光吸收范围等进行了表征.光催化降解罗丹明B(RhB)实验结果表明,当BiOCl与UiO-66(Zr)-NH2的质量比为1∶0.1,可见光照射20 min后,RhB的降解率高达98.5%,且材料循环使用4次后仍然具有良好的催化性能.此外,结合复合材料的电化学性能、材料的自由基猝灭及电子自旋共振实验,揭示反应体系的
NCAPD3(non-SMC condensin II complex subunit D3)是condensin II复合物的亚基,其在细胞中的主要功能是调控有丝分裂时期染色质的凝缩和稳定,在前列腺癌中NCAPD3还发挥促癌的作用.本研究探讨NCAPD3促进前列腺癌发生发展的分子机制.首先,利用数据库分析NCAPD3在不同癌症的表达差异,再选取前列腺正常细胞和多种前列腺癌细胞为实验材料,检测p-AKT和NCAPD3的表达.其次,分别在LNCaP中用siRNA敲低NCAPD3和DU145中过表达NCAPD
针对传统的松材线虫病大范围监测方法耗费高、效率低的问题,研究基于高分辨率无人机遥感影像,采用深度学习方法对病疫区染病松树进行目标检测及地理定位.建立病疫松树样本数据集,采用YOLO目标检测模型,通过锚框尺寸重算、模型迁移学习等方法进行样本训练.将大幅影像进行滑窗分割、逐个检测、NMS重叠处理、坐标转换之后,得到研究区内染病松树的数量及其精确坐标.实验结果表明,本研究算法的准确率为84.8%,召回率
城市生态安全格局的建立对于引导城市空间扩展及维护区域生态过程的健康和稳定意义重大.以西部城市平凉为例,基于最小累计阻力(minimal cumulative resistance,MCR)模型及地理信息空间分析方法,结合土地利用数据,通过水土流失敏感性、生物多样性维护功能、水源涵养功能及水土保持功能4个综合指标划分生态源地,并从自然因素、经济因素和社会因素3个方面筛选了海拔、坡度、土地利用等8个约束条件构建阻力面,运用MCR模型提取生态廊道及生态节点,构建生态安全格局并提出优化保护建议.结果表明:平凉市生
本文的主要内容是研究半无穷长对称管道中不可压缩、无粘带重力的喷流的适定性.主要结论是如果在管道入口给定流体的一个质量通量,我们能够建立半无穷长管道中不可压缩带重力喷流问题的存在性和唯一性,该喷流问题还有连接下管道壁边界点的光滑自由边界.
火焰前期一般多为小目标,但一般的火焰检测方法对于小目标的检测能力较差.为检测早期火焰,提高火灾预防能力,提出了一种融合多级特征的视频火焰检测方法,针对下采样分辨率变小导致丢失目标的问题,引入了反卷积模块,并融合深层具有较强语义信息的特征和浅层具有较强细节信息的特征,从而有效提高了火焰的检测率.所提算法在Bilkent大学火灾数据库VisiFire数据集上进行的实验表明,mAP相较于Yolov2提高
小管福寿螺(Pomacea canaliculata)是全球100种恶性外来入侵物种之一,对入侵地的经济和环境造成了严重危害.研究发现,入侵中国的福寿螺除小管福寿螺外,还包括斑点福寿螺(P.maculata).本研究基于全基因组重测序数据开发单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)用于福寿螺的遗传多样性分析及物种鉴定.利用Sanger测序法对开发的22个SNP位点在浙江丽水小管福寿螺群体中进行遗传多样性分析,结果表明观测杂合度和期望杂合度范围分别为0~0.
以中国大陆1998—2018年产业发展与旅游经济的相关数据为例,综合重心轨迹分析、空间自相关分析、格兰杰因果检验及脉冲响应函数等方法,分析区域产业结构高级化对旅游经济的时空影响.研究发现:从长期看,区域产业结构高级化与旅游经济之间存在惟一的动态协整关系,产业结构高级化对旅游经济增长具有单向的格兰杰因果关系,对旅游经济的动态影响大致呈“倒V字”型.两者重心趋于集聚,表明空间耦合关系不断增强;双变量空间自相关分析显示区域产业结构高级化对旅游经济的影响总体为正,并且呈现出微弱的上升趋势;产业结构高级化对旅游
研究以盐城九龙口湿地公园为样地,从物种多样性、谱系多样性、功能多样性三个层次分析鸟类群落结构.经过一年期野外调查,共记录鸟类89种,隶属15目37科,其中水域生境鸟类60种,陆域生境鸟类73种,两者共有鸟类44种.结果表明,季节和生境类型对α多样性的物种、谱系和功能多样性的影响不同,Shannon-Wiener指数和功能多样性的种间平均距离在季节间有显著差异,Simpson多样性指数、Faith’s谱系多样性和谱系/功能多样性的最近种间谱系距离在生境间有显著差异;谱系和功能β多样性与物种β多样性显著相关.
地理信息数据具有不同分辨率、不同精度、不同覆盖范围等多尺度特征,在应用中往往需要同时具备高光谱分辨率和高空间分辨率两种信息的图像.为提高多光谱图像和全色图像融合的准确性,提出了基于卷积神经网络的多光谱与全色遥感图像融合算法.首先,对训练集内图像进行预处理,构建适用于本算法的图像数据集;然后,拓展卷积神经网络卷积层,提高三通道关联性,提取更多图像信息;最后,使用深度可分离卷积神经网络,提高融合图像的