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采用3对特异性引物，对中国近海常见3种原甲藻的18SrDNA的部分序列进行PCR扩增，运用变性梯度凝胶电泳技术（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, DGGE）对PCR产物进行了差异性分析。结果表明，各对引物具有不同的区分效果，选择包含较多差异碱基的短片段进行扩增，可以对藻种进行更好的区分；PCR-DGGE技术具有较高的灵敏性，不同藻种问即使1个碱基的差异也可以区分开；PCR-DGGE技术可以对3种原甲藻进行区分。