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目的
比较不同年代分离自澳大利亚、中国海南地区7株ST562型类鼻疽伯克霍尔德菌(类鼻疽伯克菌)的同源性,并分析其传播来源。
方法利用生物信息学方法提取ST562型类鼻疽伯克菌澳大利亚临床株MSHR5858、中国海南历史菌株350105基因组中SpeⅠ限制性酶切片段指纹谱、多位点可变数目串联重复序列多态性指纹(MLVA-4)等遗传特征,并与近年分离的5株海南ST562型临床株的脉冲场凝胶电泳(PFGE,SpeⅠ酶切)、MLVA-4分子分型结果相比较。同时分析MSHR5858与350105在基因组水平的共线性及同源性。
结果5株海南ST562型临床株的PFGE带型相同(相似度>97%)且与澳大利亚临床株MSHR5858的SpeⅠ限制性带型一致;澳洲临床株(MSHR5858)与海南历史菌株(350105)基因组中SpeⅠ限制片段数分别为31和34,其中31个片段的长度一致。5株海南ST562临床株的MLVA-4型别各不相同,但HPPH43(MLVA-4指纹谱:10,8,10,8)与MSHR5858(10,8,8,6)在2341 k、1788 k两个位点重复数相同;HK003(11,8,15,7)、HK061(11,8,17,7)与历史菌株350105(11,8,11,8)在此二位点重复数也相同。此外,350105与MSHR5858在基因组水平具有良好共线性,共有基因占绝大部分,提示来源一致。
结论分离的7株ST562型类鼻疽伯克菌(包括中国海南临床分离株、历史菌株及澳大利亚临床分离株)遗传特征一致,且ST562型近年流行株与历史菌株350105可能具有同源关系。