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根据NCBI数据库中苎麻表达序列标签EST数据设计7对EST-SSR引物，筛选出2对多态性引物，增加睇R的可用引物数量，进一步完善SSR分子标记体系；采用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、基因分型和测序等3种方法，分析苎麻2个高多态微卫星位点。结果表明：一个微卫星不仅有重复单元次数的变化，而且其两翼也存在简单序列变异，包括核苷酸插入、删除和碱基替换；另一个复合型微卫星各组分均存在碱基增加或删除和碱基置换。根据该位点序列的高变异性，将其作为SNP分子标记，用于苎麻系统发育关系及居群遗传学研究。