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产业集群创新系统是由不同创新主体通过各种方式集合在一起的。在长株潭产业集群生长发育过程中，政府、企业、科研院所等创新主体之间的关系发生了重大变化，呈现出全纳型、交错型和链接型三种图形，其中一些重大历史事件对之产生过深刻影响。目前，长株潭产业集群创新系统中的各个层次创新网络已得到不同程度的发展，同时也存在一些不足。数据包络分析结果显示，长株潭产业集群创新能力已达到帕累托有效状态，除了个别企业外，三个中心城市、不同行业、不同所有制形式、不同集群类型的企业之间，都没有显著差异。综合效率没有达到帕累托有效状态的少