【摘 要】
：
CpG岛的甲基化是表观遗传中基因表达调控的重要机制。虽然目前已存在几个从DNA序列判别CpG岛的标准,但如何在标准中选择合适的参数仍是研究的焦点。文章通过分析比较两种经典
【机 构】
：
清华大学医学院生物信息学教育部重点实验室、清华大学生物科学与技术系,上海交通大学肿瘤研究所癌基因及相关基因国家重点实验室
【基金项目】
：
国家自然科学基金资助项目(90412018,30570850);973基础研究项目(2004CB518804);教育部科学技术研究重大项目(03180,104232);教育部“跨世纪人才培养计划”基金项目;上海市自然科学基金项目(04DZ14006,05DZ19318)~~
论文部分内容阅读
CpG岛的甲基化是表观遗传中基因表达调控的重要机制。虽然目前已存在几个从DNA序列判别CpG岛的标准,但如何在标准中选择合适的参数仍是研究的焦点。文章通过分析比较两种经典CpG岛判定标准与三种预测方法,提出了改进的CpG岛预测方法——CpGISeeker。应用该预测方法,结合判定标准中的三个基本参数组合出的13组组合参数,在人类全基因组范围内进行了CpG岛预测,并统计分析了CpG岛的重复序列组成以及相对于基因转录起始位点的位置分布情况。分析结果表明CpGISeeker具有更精确判定CpG岛的特性;同时还提示,随着判定标准严格性的增加,CpG岛的重复序列含量降低,与基因转录起始位点的相关性提高。将CpG岛最小尺寸为500bp、GC含量为60%、CpG出现率达到0.65的组合参数作为标准,是目前预测CpG岛的最佳方式。
其他文献
干细胞由于其巨大的研究和应用潜力而成为全球关注焦点。许多国家的政府、研究机构和企业对其加大投入,并取得了巨大的进展。与干细胞相关的论文和专利数量在2001年后均快速
食品运输安全是我国食品物流安全的薄弱环节,其中主要原因之一是因为我国食品运输安全政策与法规建设的不完善。通过分析现状及存在的问题,借鉴发达国家的经验,提出了我国食
目的:观察加减小青龙汤联合西药治疗慢性支气管炎的临床疗效。方法:选取84例慢性支气管炎患者随机分为观察组和对照组,分别给予加减小青龙汤联合西药治疗和单纯西药治疗,比较
<正>习近平总书记"一个希望、三个着力"重要指示,饱含对革命老区的深厚感情,饱含对老区人民的亲切关怀,饱含对苏区振兴发展的殷切期望。兴国作为国家新一轮扶贫开发重点县,将
在面对世界各大家电企业纷纷兼并重组和全球经济一体化的压力下,如何增强企业的国际竞争力,特别是提升企业的国际营销能力是当务之急。本文就我国白色家电企业在国际营销中面
中小企业电子商务应用已成为我国电子商务市场的主要驱动力,但随着国际与国内市场形势的变化与企业间竞争的加剧,中小企业在应用电子商务拓展市场、降低成本和转型升级的过程
目的:胰腺内分泌肿瘤（pancreatic endocrine tumor, PET）是胰岛Langerhan细胞增生发展而成的肿瘤，临床上少见，占胰腺肿瘤的2％-4％，其人群发病率约为1-5/10万。本文回顾性分析2000年2
目的:探讨乌梅丸对人胃癌增殖及基因survivin表达的影响。方法:体外试验:在处于指数生长期的人胃癌SGC-7910细胞中,分别加入浓度为7.5、15、30、60、120mg/ml的乌梅丸,设立无
本文在分析我国促进可再生能源产业发展财税政策存在问题的基础上,介绍了相关财税政策的国际最新动向,并根据国际经验,有针对性地提出了建立促进我国可再生能源产业发展财税
整体桥具有使用寿命长、施工方便、造价及养护费用低等特点,目前在国内外得到了广泛应用与推广。然而,整体桥在季节性温度荷载作用下会发生往复位移,并产生桥台-桩基-土相互