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根据代谢组学数据处理的特点,提出基于云计算的代谢组学数据并行处理方法:云平台提供多个安装了开源数据处理软件MZmine的计算资源,一个大规模的数据处理任务按照保留时间分散到多个计算资源上进行并行计算。作为实例,对来源于小鼠血清样本的代谢组学数据进行处理。数据说明,基于云计算的数据处理方法能提高数据处理速度,节约计算成本。