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跨区域环评项目易引发跨区域的不良环境影响以及对环评文件结论的争议，造成环评文件审批权限的纠纷，甚至引起环境安全以及跨区域的环境信访问题。立法虽明确提出对此类项目的环境影响评价结论有争议的，其环境影响评价文件由共同的上一级环境保护行政主管部门审批，但是在具体适用过程中针对环评文件的编制、审批及批复运行的不同阶段的争议如何操作以及审批权限的转移等程序性有待进一步厘清，通过完善区域规划及区域合作来从源头化解审批权限纠纷。，