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当前世界经济发展呈现出鲜明的知识经济特征，现代服务业和先进制造业基本担当了先进经济体区域中心城市发展的支撑产业角色，因此研究现代服务业、先进制造业与区域中心城市的协同发展程度具有重要意义。本文运用非线性系统的方法对区域中心城市的协同发展问题进行研究。构造了包含现代服务业、先进制造业与城市三个子系统的区域中心城市非线性经济系统以及系统协同度模型。通过对2005～2010年深圳数据的实证分析，从市场导向、产业融合、产城融合三个角度给出了支持深圳区域中心城市协同发展的政策框架和建议。